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Matplotlibでゼロ値を含むデータをログスケール(symlog)でプロットする方法

Matplotlibでは、ゼロ値を含むデータを対数スケールでプロットしたい場合、通常のlogスケールは使用できません。なぜなら、log(0)は定義されないためです。このような場合には、xscale()メソッドとyscale()メソッドに"symlog"(対称対数スケール)を指定することで解決できます。

symlogスケールは、ゼロ付近では線形スケールとして振る舞い、一定の範囲を超えると対数スケールに切り替わるため、正負の値やゼロを含むデータも自然に表示できます。

手順

  • 図のサイズを設定し、サブプロット間および周囲の余白(パディング)を調整します。

  • ゼロ値を含む2つのリストをplot()メソッドを使ってプロットします。

  • yscale()メソッドに"symlog"を指定してY軸を対称対数スケールに設定します。

  • xscale()メソッドに"symlog"を指定してX軸も対称対数スケールに設定します。

  • show()メソッドを使用して図を表示します。

コード例

from matplotlib import pyplot as plt
plt.rcParams["figure.figsize"] = [7.50, 3.50]
plt.rcParams["figure.autolayout"] = True
plt.plot([0, 1, 2, 0, 3], [1, 0, 2, 3, 5], marker='o', linestyle='-')
plt.yscale('symlog')
plt.xscale('symlog')
plt.show()

出力結果

Matplotlibでゼロ値を含むデータをログスケール(symlog)でプロットする方法

補足:linthreshパラメータについて

symlogスケールでは、linthresh(線形>(線形領域のしきい値)を指定することで、線形スケールから対数スケールへ切り替わる範囲を制御できます。例えばplt.xscale('symlog', linthresh=0.5)のように指定すると、-0.5から0.5の間が線形表示されます。データの分布に応じて適切な値を設定すると、より見やすいグラフになります。

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