バイオシーケンスを比較して整列させることがなぜ有用なのですか？

区別され整列される配列は、ヌクレオチド（DNA / RNA）またはアミノ酸（タンパク質）であり得る。ヌクレオチドの場合、正確であれば2つの記号が整列します。ただし、アミノ酸の場合、2つの記号が正確である場合、または自然界に現れる置換によって一方を他方から変更できる場合は、2つの記号が整列します。

ローカルアラインメントとグローバルアラインメントの2種類のアラインメントがあります。前者は、配列の領域のみが整列されることを定義しますが、後者は、配列の全長にわたって整列する必要がありました。

ヌクレオチドまたはアミノ酸の場合、挿入、削除、および置換は、自然界では複数の確率で表示されます。置換マトリックスは、ヌクレオチドまたはアミノ酸の置換の確率と、挿入および削除の確率を定義します。

2つの記号を揃えないことが望ましい位置を示すために、ギャップ文字「-」がよく使用されます。アライメントの品質を計算できます。スコアリング構造は一般的に定義されており、通常、同一または同じシンボルを正のスコアとしてカウントし、ギャップを負のスコアとしてカウントします。

スコアの代数的な合計がアライメントスコープとして使用されます。アラインメントの目的は、いくつかの可能なアラインメント間の最大スコアを取得することです。ただし、最適な配置を見つけるには非常にコストがかかります。したがって、次善のアラインメントを発見するために開発されたヒューリスティック手法がいくつかあります。

ゲノムは、生物の遺伝子のセット全体です。タンパク質が必要な場合、同等の遺伝子がRNAにコピーされます。 RNAはヌクレオチドの鎖です。 DNAはいくつかのRNA分子の合成を行い、それぞれが細胞機能において特定の役割を果たします。